用来观察物体的显微镜有两种：一种是用一般的显微镜，另一种是用精密的多功能显微镜。在显微镜使用中，最重要的部分是显微镜的对光操作。通常应先观察显微镜本体及其周边结构，再根据需要进行调整和校正。此外，还有各种表面处理方法的配合以及各种颜色的光源照明等。
1.观察
显微镜在被观察物体的表面进行对光操作，在被观察物体表面形成光源（即所谓光的反射或透射),并能准确地对光源进行观察。因此，观察时应先将显微镜打开，观察物像，再根据需要调整光线的强度和方向。注意观察范围要大一些，以满足不同被摄物体对光线比较敏感而又无明暗度要求的需要。
2.调整
显微镜的对光操作是对光束的方向、亮度、视角等进行调整。要注意观察物体时，物体的反射、折射率以及观察视野和物体的大小变化，同时要注意物体的亮度和角度变化。调节方法：①用较大较亮的光照射后，再用较小较暗的光源照射几次。
3.校正
如果所观察到的物体与显微镜中显示的物相不吻合，应将显微镜转动一下，使物相之间的间隙在最大限度上缩小或消失。如果已经将显微镜转动到最大位置，而且目摄范围扩大到目镜能观察到的范围时，可将其转动1~2次，使目摄范围扩大一点；如果目摄范围缩小或不能满足目视需要时，可以将目视屏上相应位置的调节旋钮转到“小”（或“大”)(图4)。对不同类型和不同大小号的物状、图像进行适当校正后，再进行具体实验。
4.装上物镜
显微镜安装在被观察物的表面上。安装时先将物镜上一层镀膜压紧，然后将金属镜架向中心移一步，在玻璃镜架中间装上一只物镜，使之装在两只镜架之间，使其两片玻璃间呈30°夹角。接好物镜后，再将其移到玻璃镜架内侧（两片玻璃之间）。调整好安装位置后用细线将其与显微镜连线相连。物镜一般要用粗丝和细线相吻合，以保证在显微镜上可以看到相同波长光线。
5.查看目镜
检查目镜时，目镜周围的区域必须无光线经过。因为一旦经过目镜，便会把物体上的光线反射到光源的另一端，从而使透镜表面产生变形或产生裂缝，从而造成观察死角。在检查目镜时，如果目镜表面有一些反射光（或波长较长的光线）进入目镜表面，则应及时将这部分反射光去除，以免造成观察死角和光线无法观察到目标物上。检查目镜时应注意以下几点：①检查目镜上是否有灰尘或碎屑等杂物；②检查目镜背面是否有灰尘或杂物；③检查目镜上是否有透光率（或光斑直径）较高或较小的地方；④查看目镜内线及丝印等位置是否清晰（或有其他明显缺陷);⑤核对目镜是否按要求调整尺寸；⑥检查目镜上是否有其它异物残留物。
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