显微镜的操作过程分为两个阶段，即“前移”和“后移”步骤。在前阶段，显微镜进入了光学系统后，将产生光路（有许多小孔),这就像光线进入了显微镜内部，经过光学放大器转换成为光路，然后再通过显微镜与被观察物体分离，此时被观察物体处于成像状态，故称“对光”。“对光”一般分为前移与后移两种，后移即在光学系统上进行放大。根据物体性质和显微镜的使用环境，可分为不同种对光（光波）操作方法。
1.直接对着光源操作
直接对着光源操作就是使用目镜直接对着光源操作。目镜通常是用树脂或金属制成的，镜架的宽度、厚度、高度也都与透射光源有关，但在实际操作中可根据样品的不同情况选择不同尺寸的显微镜使用上应注意以下几点：如在直接对着光源操作时要使显微镜的光线分布均匀，使光源对着样品表面照去时，不会形成偏振；镜片的形状也不宜太过复杂，以防镜架变形或被刮伤；在镜筒上用一个小衬垫将镜片和目环固定住。同时显微镜不能用于透射光源以外其他地方，如用来观察活细胞等。
2.将物体放置在显微镜前端
把光学系统安置在靠近光源的物体旁边，观察显微镜前端，此时，光源直接照射在被观察物体表面。若要观察物体表面，需在显微镜前端打开开关，在进入光学系统前把手置于镜架一侧。显微镜是以光为放大和成像介质的仪器，打开后把手应置于显微镜前端，以便对物体进行放大观察。
3.将显微镜置于光学系统
将显微镜置于光学系统时，要将其置于一个垂直于光的中心轴，而不能直接置于一个水平方向的轴上。这样，在与被观察物的距离较近时，在观察物周围可观察到许多较细的纤维状小孔，但由于有较大的折射率，因此仍无法观察到小孔周围的显微组织情况。如图3所示。
4.在微光下通过调节放大器的透镜中心线，使光波在显微镜前端向后移动或向内转。
一般情况下，用微光检查物体的外观，并将其放大，这是一种非常重要的检查方法，通常用来检查被观察物在一定条件下的形状和大小。如看物体表皮上的花纹（如斑点）是否有毛刺（划痕）、有无毛刺（凹痕）、光滑（划痕）以及花纹（凹痕）的长短、形状（凹痕）和大小（沟槽）和是否有不规则的条纹等。同时可用肉眼观察物体，如果物体内存在不可见光成分时，可在显微镜前加一小段日光灯观察。
5.将光波向下调到中央位置观察
当镜筒上安装有一个金属架时，由于金属架与被观察物体之间产生了摩擦，会使金属架的镜筒发生转动，并使光波进入中央位置。由于中央位置是离被观察物体最远的位置，因此对观察要求比较低。另外，在移动金属架或光学显微镜时，要避免金属架（显微镜支架）变形，使中心部位对着被观察物体。要注意观察，从目镜上向下看的是中心位置。有时由于物体在中央位或对着中心位变化太大，为了避免该现象发生，可用其他工具将镜筒中的金属放入中心位置。
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